مهم‌ترین اتفاقی که در دوره ریاست حاج‌محمدی رخ داد، مربوط به شهریورماه امسال بود که تصاویر چند دوربین مدار‌بسته از زندان اوین منتشر شد که در آن بدرفتاری و درگیری چند مأمور زندان با زندانیان دیده می‌شد و برکناری او از سازمان زندان‌ها توسط رئیس دستگاه قضا می‌تواند به همین خاطر باشد.
اتفاقی که باعث شد قوه قضائیه و مجلس به آن ورود کرده و موضوع را پیگیری کنند. همان زمان حاج‌محمدی از حوادث رخ‌داده عذرخواهی کرد و در توییتی نوشت: «درخصوص تصاویر ‎زندان اوین، مسئولیت این رفتارهای غیرقابل‌‌قبول را پذیرفته و ضمن تعهد به تلاش بر عدم تکرار چنین وقایع تلخ و برخورد جدی با عوامل خاطی، از خداوند متعال، رهبر عزیزمان، ملت بزرگوار و زندان‌بانان شریف که البته زحماتشان تحت تأثیر این خطاها، نادیده گرفته نخواهد شد،‎ عذرخواهم». حجت‌الاسلام محسنی‌اژه‌ای به دادستان مأموریت داد که موضوع را دنبال کنند و در ‌نهایت طبق گزارش دادستانی کل کشور و همچنین مرکز حفاظت و اطلاعات کل قوه قضائیه مشخص شد، درخصوص انتشار تصاویر دوربین‌های مدار‌بسته از زندان اوین از ناحیه بعضی از مأموران زندان تخلفاتی صورت گرفته که دستور داده شد متخلفان تحت تعقیب قرار گیرند و به تخلف آنها رسیدگی شود. ذبیح‌الله خداییان، سخنگوی قوه قضائیه، گفته بود: «صحنه‌هایی که در فیلم‌های منتشره مشاهده می‌شود، مغایر قانون بوده و به‌هیچ‌وجه قابل‌قبول و قابل‌توجیه نیست بر این اساس قوه قضائیه اصرار بر برخورد با متخلفان دارد و دادستان کل کشور مأمور پیگیری این موضوع هستند. دادستان کل‌ کشور‌ اکیپی را مأمور کردند و حدود سه روز در زندان اوین بودند که شش نفر شناسایی شدند و چهار نفر به دادسرای نظامی و دو نفر به دادسرای عمومی معرفی شدند و دستور احضار برای دو نفر دیگر صادر شده و با برخی از متخلفان نیز در زمان خود برخورد شده است».
ماجرای رخ‌داده در اوین باعث شد رئیس مجلس هم از کمیسیون اصل ۹۰ مجلس بخواهد حوادث زندان اوین را با هماهنگی دادستان کل بررسی کند. محمدباقر قالیباف، چند روز بعد در حساب کاربری خود در تلگرام نوشت: «جلسه بررسی ابعاد تخلفات زندان اوین، پس از بازدید حضوری نمایندگان از زندان انجام شد. تمامی فیلم‌ها دوباره با حضور نمایندگان مجلس، کارشناسان قوه قضائیه و دادستانی کل و مسئولان ذی‌ربط بررسی شد. تخلف برخی موارد برای ما محرز شد که حتما باید با خاطیان برخورد شود».
براساس شواهد قوه قضائیه در تلاش است جهت حمایت از زندانیان تصمیم‌هایی چون مرخصی، عفو و بخشش زندانیان را اجرائی کند و از سوی رئیس دستگاه قضا نیز این مسئله مورد تأکید قرار داشته است. غلامحسین محسنی‌اژه‌ای چندی پیش بر این نکته تأکید کرد که زندان‌ها و بازداشتگاه‌های کلانتری‌ باید بیشتر بازرسی شوند تا مشکلات و مسائل آنها برطرف شود.
عباس عبدی، جامعه‌شناس و فعال سیاسی اصلاح‌طلب که در جلسه نشست با رئیس دستگاه قضا شرکت کرده بود، درباره مسائل پیرامون زندان و زندانیان به «شرق» گفته بود: «آقای محسنی‌اژه‌ای گفته‌اند که در چند وقت اخیر به تمام زندان‌ها سرکشی شده است؛ ببینید، ما باید خودمان را به جای زندانی نیز بگذاریم، من خودم زندان بودم و می‌دانم اوضاع چگونه است و اگر اتفاقی در این زمینه رخ دهد، یک گام مثبت است».
زندان‌ها منتقل نمی‌شوند
به‌ هر حال باید به این نکته نیز توجه داشت که قوانین زندان‌ها نیز مشکلاتی داشتند. نایب‌رئیس کمیسیون قضائی و حقوقی مجلس در گفت‌وگو با «اعتماد‌آنلاین» از اجرا‌نشدن مصوبه قانون برنامه ششم توسعه مبنی بر انتقال زندان‌ها به خارج از کلان‌شهرها انتقاد کرده و گفته بود: «در برنامه ششم توسعه می‌گوییم زندان‌ها را از داخل شهرها بیرون بکشید. به منابع طبیعی حکم کردیم زمین رایگان در اختیار سازمان زندان‌ها قرار دهید اما باز‌هم قوه قضائیه به وظیفه خود در انتقال زندان‌ها عمل نمی‌کند. زندان باید به بیرون شهر منتقل شود تا فضای کافی برای احداث دانشگاه و کارگاه در داخل زندان باشد و زندانی بتواند در زندان مشغول کار و درس‌خواندن شود، کار کند و در زندان هزینه زن و بچه‌اش را که بیرون از زندان هستند، بدهد. در شرایط فعلی در اوین و فشافویه هیچ‌کدام از این امکانات وجود ندارد».
حسن نوروزی همچنین به تعداد بالای زندانیان در کشور اشاره کرد و افزود: «جمعیت زندان‌های ایران باید از ۲۴۰ هزار زندانی به ۲۰ هزار برسد و تنها افراد خطرناک در زندان باشند. افراد عادی باید جریمه و بدهی خود را پرداخت کنند. چرا فردی با یک‌ میلیون تومان بدهی باید در زندان بماند؟ به مسئولان زندان‌ها می‌گوییم اینکه دنبال زندان‌سازی نمی‌روید تا از کنار بزرگراه جابه‌جا شود و به حاشیه شهرها برود، خلاف قانون و از بی‌عرضگی مسئولان زندان است‌ و اگر رؤسای زندان‌ها نمی‌توانند این کار را انجام دهند، استعفا دهند».
جداسازی زندان از قوه قضائیه
جداسازی سازمان زندان‌ها از قوه قضائیه نیز یکی از گزینه‌هایی است که مجالس قبل به‌ دنبال آن بودند تا نظارت بیشتری بر این سازمان شود. آخرین بار در مجلس دهم طرح «انتزاع سازمان زندان‌ها از قوه قضائیه و الحاق آن به وزارت کشور» به‌ صورت عادی اعلام وصول شد. این طرح را عبدالکریم حسین‌زاده اصلاح‌طلب و رئیس فراکسیون وقت حقوق شهروندی با هدف «شفاف‌شدن عملکرد سازمان زندان‌ها و نظارت‌پذیرکردن» به مجلس ارائه کرد که به نتیجه نرسید. در این طرح آمده بود که به‌ لحاظ گستردگی وظایف قوه قضائیه در شرایط کنونی و نیز تأکیدات تمام احکام شرعی و دینی بر لزوم رعایت حقوق ملت، به‌ منظور اثربخشی بیشتر دادگاه‌ها بر محکومان و با هدف لحاظ‌کردن حقوق حاکمیت و متهمان و همچنین امکان نظارت مستمر و شفاف بر حقوق شهروندان در زندان‌ها، پیشنهاد می‌شود آن سازمان از قوه قضائیه انتزاع و به وزارت کشور الحاق شود. بر‌اساس این طرح، سازمان زندان‌ها و اقدامات تأمینی و تربیتی از قوه قضائیه انتزاع و با همه امکانات اعم از مالی، مادی، نیروی انسانی و انتقال بودجه سالانه با وضعیت موجود بدون افزایش سطح و سقف مالی و تشکیلاتی به زیرمجموعه وزارت کشور الحاق می‌شد. البته کمیسیون قضائی مجلس دهم با آن مخالف بود و سخنگوی کمیسیون حقوقی-قضائی مجلس گفت احتمال اینکه این کمیسیون با الحاق سازمان زندان‌ها به وزارت دادگستری موافقت کند بیشتر از الحاق آن به وزارت کشور است، طرحی که در نهایت به جایی نرسید و مسکوت ماند.